¡¡Hola, Gise salvadora!!
Tal como dice Fernando más arriba, las notas se van abriendo automáticamente a medida que vas avanzando en los segmentos;
Bueno, este es el problema número uno: no se abre nada automáticamente. Abro un segmento, traduzco, y cuando llega la nota al pie (que hay varias en un mismo segmento, para colmo) lo único que veo es una especie de ventanita chiquitita, de color amarillo. Si me paro sobre el numerito, se ve el texto de esa nota, pero no se abre un segmento aparte para que pueda traducirla. Solo me la muestra...
Abrís un segmento "normal", traducís, y a continuación viene una marca de nota al pie, pasás de un segmento al otro con Set/Close Next Open/Get para abrir la nota al pie.
Pero, si paso de un segmento al otro del texto principal, las notas al pie de ese segmento que dejo quedan ahí... no se abren... 
Ahí, Trados abrirá automáticamente una especie de archivo "auxiliar" (se llamará TW4Win Footnote.doc), traducís como de costumbre pasando de un segmento a otro dentro de esa nota al pie.
Este es otro problema: en uno de los experimentos que hice sí se abrió ese archivo auxiliar. Pero la nota al pie no apareció dentro del cuadrito amarillo para que pueda traducirla, sino que se ve como si Workbench no la hubiese tomado. Por eso es que no puedo volver al texto original, justamente porque la nota no está metida en el cuadro de Trados (ayy, no sé si me explico...
)
Ahora, si te parece que ya hiciste lío en el archivo sobre el que estabas trabajando, creo que lo mejor es tomar una copia del original e ir pasando segmento por segmento por la memoria (o hacer un "Translate to Fuzzy") y cada vez que se abra una nota al pie seguir el procedimiento que te explico arriba.
Sí, voy a probar con esto que me decís, porque segurísimo que algún lío hice...
¡Gracias, Gise! Deseame suerte... agghh...